He estado usando Typecript en mi proyecto angular actual durante aproximadamente un año y medio, y aunque hay algunos problemas con las definiciones de vez en cuando, el proyecto DefinitelyTyped hace un trabajo increíble para mantenerse al día con las últimas versiones de las bibliotecas más populares.
Una vez dicho esto, hay una curva de aprendizaje definitiva cuando se pasa de JavaScript vainilla a TS y debe tener en cuenta la capacidad de usted y su equipo para hacer esa transición. Además, si va a usar angular 1.x, la mayoría de los ejemplos que encontrará en línea requerirán que los traduzca de JS a TS y, en general, no hay muchos recursos sobre el uso de TS y angular 1.x juntos en este momento .
Si planea usar angular 2, hay muchos ejemplos que usan TS y creo que el equipo continuará proporcionando la mayor parte de la documentación en TS, pero ciertamente no tiene que usar TS para usar angular 2.
ES6 tiene algunas características agradables y personalmente planeo familiarizarme más con él, pero en este momento no lo consideraría un lenguaje listo para producción. Principalmente debido a la falta de soporte de los navegadores actuales. Por supuesto, puede escribir su código en ES6 y usar un transpilador para llevarlo a ES5, que parece ser lo más popular en este momento.
En general, creo que la respuesta se reduciría a lo que usted y su equipo se sienten cómodos aprendiendo. Personalmente, creo que tanto TS como ES6 tendrán un buen soporte y un futuro largo, pero prefiero TS porque tienden a obtener características de lenguaje más rápido y en este momento el soporte de herramientas (en mi opinión) es un poco mejor.
declare var MyNewLibraryName: any;
luego usarla como desee sin que el compilador se queje.