Debes ignorar la .vscarpeta todos juntos .
Sin embargo, hay casos en los que desea conservar alguna configuración en su archivo applicationhost.config, como registrar FQDN como se explica aquí .
Para este tipo de configuración, desea utilizar el archivo de host de la aplicación global donde puede conservar sus cambios.
En un proyecto clásico de aplicación web (donde tiene un .csprojarchivo), debe establecer la UseGlobalApplicationHostFilepropiedad truedentro del .csprojarchivo:
<UseGlobalApplicationHostFile>True</UseGlobalApplicationHostFile>
VS 2015 honra esto y usa el archivo host de la aplicación global. Sin embargo, no hay forma de decirle a los proyectos de ASP.NET 5 que busquen esto hoy hasta donde yo sé.