Sencillo. IE6 y superior centrarán felizmente su tabla con "margin: 0 auto;" si solo la página se muestra en modo "estándar". Para que esto suceda, necesita una declaración de tipo de documento válida, como
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
o
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
Es cierto que IE5.5 y anteriores seguirán negándose a centrar la tabla, pero tal vez pueda vivir con eso, especialmente si la página sigue funcionando con la tabla alineada a la izquierda. Creo que a estas alturas los usuarios de IE5.5 y anteriores están bastante acostumbrados a algunos sitios web de aspecto extraño, pero aún debe asegurarse de que esos fallos visuales no inutilicen su sitio.
¡Feliz codificación!
EDITAR: Lo siento, quizás debería señalar que no es necesario tener un tipo de documento "estricto" para obtener IE6 y subir al modo de representación "estándar". Me di cuenta de que podría parecer así por los ejemplos de tipo de documento que publiqué anteriormente. Por ejemplo, esta declaración de tipo de documento, por supuesto, funcionará igualmente:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">