Si observa un ejemplo de configuración de archivo roundcube (config.inc.php), tiene un ejemplo con y sin coma al final.
Esta matriz define qué complementos deben habilitarse o deshabilitarse:
...
$config['plugins'] = array(
'managesieve',
'password',
'archive',
'zipdownload',
);
...
Normalmente, esto sería línea por línea y si alguien quiere agregar algo en la matriz, puede hacer esto:
...
$config['plugins'] = array(
'managesieve',
'password',
'archive',
'zipdownload',
'newplugin',
);
...
Entonces, cuando envían este código, solo ven un cambio para esa línea en particular y esto es más legible cuando se inspecciona quién está haciendo los cambios de código para esa línea en particular.
En otra línea de código, puede ver esto sin coma al final:
...
$config['default_folders'] = array('INBOX', 'Drafts', 'Sent', 'INBOX.spam', 'Trash');
...
Normalmente sería una sola línea de código donde nadie espera que este código se cambie con frecuencia.
En otras palabras:
1) Coloque una coma al final si la matriz se usa como una opción o archivo de configuración que podría necesitar cambiarse dinámicamente en el futuro. Además, si realiza cambios en esa matriz mediante programación utilizando una coma final, solo realiza cambios en el código de una línea, mientras que sin ella, tiene que lidiar con 2 líneas de códigos y esto puede causar más complejidad para analizar la matriz
2) No tiene que poner una coma al final si la matriz es una matriz constante y no espera que cambie en el futuro, pero como se menciona en la Respuesta aceptada, puede poner una coma al final, pero no tiene ningún propósito