Creo (en base a sus comentarios) que entiendo lo que quieres hacer: desea que su copia local del repositorio que no tienen ni la rama local ordinaria master, ni la rama remota de seguimiento origin/master, a pesar de que el repositorio clonado el github : Tiene una rama local masterque no desea eliminar de la versión de github.
Puede hacer esto eliminando la rama de seguimiento remoto localmente, pero simplemente volverá cada vez que solicite a su git que sincronice su repositorio local con el repositorio remoto, porque su git le pregunta a su git "qué ramas tiene" y dice "Tengo master" para que tu git (re) cree origin/masterpara ti, para que tu repositorio tenga lo que tiene el suyo.
Para eliminar su rama de seguimiento remoto localmente utilizando la interfaz de línea de comando:
git branch -d -r origin/master
pero nuevamente, solo volverá a sincronizarse nuevamente. Que es posible derrotar a esto también (mediante remote.origin.fetchla manipulación), pero usted es probablemente mejor sólo ser lo suficientemente disciplinado para no crear o modificar masterlocalmente.