Generar un PNG con matplotlib cuando DISPLAY no está definido

Estoy tratando de usar networkx con Python. Cuando ejecuto este programa, aparece este error. ¿Falta algo?

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")


Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 13, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Me sale un error diferente ahora:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Me sale un error diferente ahora:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

El principal problema es que (en su sistema) matplotlib elige un backend que usa x por defecto. Acabo de tener el mismo problema en uno de mis servidores. La solución para mí fue agregar el siguiente código en un lugar que se lee antes de cualquier otra importación de pylab / matplotlib / pyplot :

import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')

La alternativa es configurarlo en su .matplotlibrc

Solo como un complemento de la respuesta de Reinout.

La forma permanente de resolver este tipo de problema es editar el archivo .matplotlibrc. Encuéntralo a través de

>>> import matplotlib
>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# This is the file location in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'

Luego modifique el backend en ese archivo a backend : Agg. Eso es.

La respuesta clara es tomarse un poco de tiempo para preparar correctamente su entorno de ejecución.

La primera técnica que tiene para preparar su entorno de ejecución es usar un matplotlibrcarchivo, como lo recomienda sabiamente Chris Q. , estableciendo

backend : Agg

en ese archivo Incluso puede controlar, sin cambios de código, cómo y dónde busca y encuentra el matplotlibrcarchivo matplotlib .

La segunda técnica que tiene para preparar su entorno de ejecución es utilizar la MPLBACKENDvariable de entorno (e informar a sus usuarios para que la utilicen):

export MPLBACKEND="agg"
python <program_using_matplotlib.py>

Esto es útil porque ni siquiera tiene que proporcionar otro archivo en el disco para que esto funcione. He empleado este enfoque con, por ejemplo, pruebas en integración continua y ejecución en máquinas remotas que no tienen pantallas.

Codificar su back-end matplotlib a "Agg" en su código Python es como golpear una clavija cuadrada en un agujero redondo con un gran martillo, cuando, en cambio, podría haberle dicho a matplotlib que debe ser un agujero cuadrado.

Recibí el error al usar matplotlib a través de Spark. matplotlib.use('Agg')no funciona para mi Al final, el siguiente código funciona para mí. Más aquí

import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')

Solo repetiré lo que dijo @Ivo Bosticky que se puede pasar por alto. Pon estas líneas al comienzo MUY del archivo py.

import matplotlib
matplotlib.use('Agg') 

O uno obtendría un error

* / usr / lib / pymodules / python2.7 / matplotlib / __ init__.py:923: UserWarning: esta llamada a matplotlib.use () no tiene efecto
porque el backend ya ha sido elegido;
matplotlib.use () debe llamarse * antes * pylab, matplotlib.pyplot, *

Esto resolverá todos los problemas de visualización

Encontré que este fragmento funciona bien al cambiar entre entornos X y no X.

import os
import matplotlib as mpl
if os.environ.get('DISPLAY','') == '':
    print('no display found. Using non-interactive Agg backend')
    mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Al iniciar sesión en el servidor para ejecutar el código, use esto en su lugar:

ssh -X username@servername

la -Xva a deshacerse de la pantalla sin nombre y sin $ DISPLAY error variable de entorno

:)

¿En qué sistema estás? Parece que tiene un sistema con X11, pero la variable de entorno DISPLAY no se configuró correctamente. Intente ejecutar el siguiente comando y luego vuelva a ejecutar su programa:

export DISPLAY=localhost:0

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Esto funciona para mi.

Otra cosa que debe verificar es si su usuario actual está autorizado para conectarse a la pantalla X. En mi caso, root no tenía permitido hacer eso y matplotlib se quejaba con el mismo error.

user@debian:~$ xauth list         
debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xauth add debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xterm

fuente: http://www.debian-administration.org/articles/494 https://debian-administration.org/article/494/Getting_X11_forwarding_through_ssh_working_after_running_su

Para asegurarse de que su código sea portátil en Windows, Linux y OSX y para sistemas con y sin pantallas, sugeriría el siguiente fragmento:

import matplotlib
import os
# must be before importing matplotlib.pyplot or pylab!
if os.name == 'posix' and "DISPLAY" not in os.environ:
    matplotlib.use('Agg')

# now import other things from matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

Crédito: https://stackoverflow.com/a/45756291/207661

Para Google Cloud Machine Learning Engine:

import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

Y luego imprimir a archivo:

#PDF build and save
    def multi_page(filename, figs=None, dpi=200):
        pp = PdfPages(filename)
        if figs is None:
            figs = [mpl.pyplot.figure(n) for n in mpl.pyplot.get_fignums()]
        for fig in figs:
            fig.savefig(pp, format='pdf', bbox_inches='tight', fig_size=(10, 8))
        pp.close()

y para crear el PDF:

multi_page(report_name)