No estoy seguro de que la solución correcta sea centrarse únicamente en asignar una base de datos a su pila web, sino también en considerar los requisitos específicos de la aplicación.
¿Está analizando feeds de Twitter u otros datos de gran volumen en busca de patrones, pero no necesita soporte transaccional? Entonces elige algo realmente rápido.
¿Desea almacenar información realmente básica en unas pocas tablas y actualmente no es una aplicación "enfocada en la empresa"? Luego elige algo interesante para aprender.
Tal vez va a almacenar datos que son realmente importantes para un cliente, robustos, deben ser transaccionales y tener replicación en vivo en instalaciones de alojamiento remoto, etc. Entonces tal vez mire algo como postgresql. No se reflejaría tan bien, pero el controlador node.js funciona bastante bien y si no le tienes un miedo mortal a sql, obtiene lo que quieres con bastante facilidad.
En cuanto a mi propia opinión, creo que ir con una pila más nueva como node.js (frente a los marcos tradicionales en php / java) está agregando suficiente complejidad "nueva" que no debería agregar capas adicionales todas a la vez. Este es un buen artículo que analiza que:
http://nodeguide.com/convincing_the_boss.html