Tenga en cuenta que proporcioné esta respuesta en 2011. Puede que esté desactualizada
Mi empresa desarrolla una biblioteca de abstracción de bases de datos ( jOOQ ), que admite ambas bases de datos. Nuestras pruebas de integración cubren una gran cantidad de funcionalidad, incluida la llamada de procedimientos y funciones almacenados, matrices, selecciones anidadas, etc. Experimento HSQLDB 2.1
que es un poco más rápido que H2 1.3
para bases de datos pequeñas en lo que respecta a DML.
Sin embargo, HSQLDB supera con creces a H2 en operaciones DDL, así como al iniciar / cerrar la instancia, incluso para una base de datos pequeña (¡debido a que H2 compila funciones almacenadas de nuevo con javac en cada inicio de la base de datos!) . Esto depende de la forma en que almacena las funciones almacenadas. Aparentemente, ese es un "problema" bastante específico de jOOQ, ver también el comentario de Thomas Mueller.
Por otro lado, estoy de acuerdo con el usuario trashgod, debes probar el rendimiento contra un esquema y un caso de uso razonables por ti mismo.