En caso de que ayude a alguien:
Cuando importé un proyecto de eclipse en Android Studio, recibí un error:
"Error: la aplicación y el ID de la aplicación de prueba no pueden ser iguales"
Sin embargo, es extraño, pero miré en build.gradle y encontré los dos marcadores de posición, uno para la aplicación y otro para la aplicación de prueba.
Eliminé el testApplicationId de eso como se sugiere en esta publicación y esto me ayudó a resolver el problema.
Nota: Esta explicación no está relacionada con los errores publicados en esta pregunta, pero podría ayudar a alguien que esté recibiendo un error similar.