En resumen: no es posible y, como parece, nunca será compatible (consulte aquí https://github.com/npm/npm/issues/775 ).
Hay algunas soluciones hacky con el uso de CLI o ENV-Variables (ver la respuesta seleccionada actual), .npmrc-Config-Files o npm link- lo que todos tienen en común: nunca son solo específicos del proyecto, sino siempre de algún tipo de globalSoluciones.
Para mí, ninguna de esas soluciones es realmente limpia porque los colaboradores de su proyecto siempre necesitan crear alguna configuración especial o tener algún conocimiento especial; no pueden simplemente npm instally funciona.
Entonces: O tendrá que colocar su package.json en el mismo directorio donde desea que se instalen sus node_modules, o vivir con el hecho de que siempre estarán en el directorio raíz de su proyecto.