Ninguna de las respuestas anteriores funcionó para mí. Esto se debió a que el error no fue causado por la aplicación principal o su extensión. Más bien una de las bibliotecas vinculadas tenía la culpa.
Para confirmar, primero archiva con Xcode y luego con Organizer, selecciona la entrada y localiza usando Show in Finder. Esto mostrará el .xcarchivearchivo.
Seleccione ese archivo y elija "Mostrar contenido del paquete".
Seleccione el archivo .app en la carpeta Productos / Aplicaciones y vuelva a elegir "Mostrar contenido del paquete".
Localice el módulo infractor en la carpeta Frameworks. Por ejemplo si el error es:
ERROR ITMS-90206: "Invalid Bundle. The bundle at 'MyApp.app/Frameworks/MyLib.framework' contains disallowed file 'Frameworks'."
Luego, en lo Frameworks/MyLib.frameworksiguiente, probablemente será visible:
../Frameworks/libswiftContacts.dylib
../Frameworks/libswiftCore.dylib
../Frameworks/libswiftCoreData.dylib
../Frameworks/libswiftCoreGraphics.dylib
../Frameworks/libswiftCoreImage.dylib
../Frameworks/libswiftCoreLocation.dylib
../Frameworks/libswiftDarwin.dylib
../Frameworks/libswiftDispatch.dylib
../Frameworks/libswiftFoundation.dylib
../Frameworks/libswiftLocalAuthentication.dylib
../Frameworks/libswiftObjectiveC.dylib
../Frameworks/libswiftPassKit.dylib
../Frameworks/libswiftUIKit.dylib
../Frameworks/libswiftWebKit.dylib
Estos están presentes porque la biblioteca vinculada - o módulo - que incluye la aplicación principal tiene el EMBEDDED_CONTENT_CONTAINS_SWIFT = YES;
Localice el módulo dependiente en Xcode y actualice la bandera:

Tenga en cuenta que una vez superado este problema, la aplicación aún puede ser rechazada con un correo electrónico explicativo de la tienda iTunes Store:
Invalid Swift Support - The Watch OS application has Swift libraries at both...
De nuevo, esto vuelve a la EMBEDDED_CONTENT_CONTAINS_SWIFTbandera. Asegúrese de que solo la aplicación principal tenga esto configurado en YES. Tanto la aplicación como la extensión WatchKit deben tener este indicador configurado en NO. Esto es como se detalla en la respuesta de @ Mike arriba.