1. No puedes deletrear
Lo primero que debe probar es ¿ ha escrito correctamente el nombre del paquete? Los nombres de los paquetes distinguen entre mayúsculas y minúsculas en R.
2. No buscaste en el repositorio correcto
A continuación, debe verificar si el paquete está disponible. Tipo
setRepositories()
Ver también ? SetRepositories .
Para ver qué repositorios R buscará su paquete, y opcionalmente seleccione algunos adicionales. Como mínimo, generalmente querrá CRANser seleccionado, y CRAN (extras)si usa Windows, y los Bioc*repositorios si hace alguno[gen / prote / metabol / transcript] ómicas análisis biológicos
Para cambiar esto permanentemente, agregue una línea como setRepositories(ind = c(1:6, 8))a su Rprofile.sitearchivo.
3. El paquete no está en los repositorios que seleccionó
Devuelva todos los paquetes disponibles usando
ap <- available.packages()
Ver también los nombres de los paquetes disponibles de R , ? Available.packages .
Como se trata de una matriz grande, es posible que desee utilizar el visor de datos para examinarla. Alternativamente, puede verificar rápidamente para ver si el paquete está disponible probando con los nombres de las filas.
View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)
Alternativamente, la lista de paquetes disponibles se puede ver en un navegador para CRAN , CRAN (extras) , Bioconductor , R-forge , RForge y github .
Otro posible mensaje de advertencia que puede recibir al interactuar con los espejos CRAN es:
Warning: unable to access index for repository
Lo que puede indicar que el repositorio CRAN seleccionado no está disponible actualmente. Puede seleccionar un espejo diferente con chooseCRANmirror()e intentar la instalación nuevamente.
Hay varias razones por las cuales un paquete puede no estar disponible.
4. No quieres un paquete
Quizás realmente no quieras un paquete. Es común confundirse acerca de la diferencia entre un paquete y una biblioteca , o un paquete y un conjunto de datos.
Un paquete es una colección estandarizada de material que se extiende R, por ejemplo, proporciona código, datos o documentación. Una biblioteca es un lugar (directorio) donde R sabe encontrar paquetes que puede usar
Para ver los conjuntos de datos disponibles, escriba
data()
5. R o Bioconductor está desactualizado
Puede depender de una versión más reciente de R (o de uno de los paquetes que importa / depende). Mirar
ap["foobarbaz", "Depends"]
y considere actualizar su instalación de R a la versión actual. En Windows, esto se hace más fácilmente a través del installrpaquete.
library(installr)
updateR()
(Por supuesto, es posible que install.packages("installr")primero necesite ).
De manera equivalente para los paquetes de Bioconductor, es posible que deba actualizar su instalación de Bioconductor.
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")
6. El paquete está desactualizado
Puede haber sido archivado (si ya no se mantiene y ya no pasa las R CMD checkpruebas).
En este caso, puede cargar una versión anterior del paquete usando install_version()
library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")
Una alternativa es instalar desde el espejo github CRAN.
library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")
7. No hay binario de Windows / OS X / Linux
Es posible que no tenga un binario de Windows debido a que requiere un software adicional que CRAN no tiene. Además, algunos paquetes están disponibles solo a través de las fuentes para algunas o todas las plataformas. En este caso, puede haber una versión en el CRAN (extras)repositorio (ver setRepositoriesarriba).
Si el paquete requiere un código de compilación (por ejemplo, C, C ++, FORTRAN), en Windows instale Rtools o en OS X instale las herramientas de desarrollador que acompañan a XCode e instale la versión de origen del paquete a través de:
install.packages("foobarbaz", type = "source")
# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")
En CRAN, puede saber si necesitará herramientas especiales para construir el paquete desde el origen mirando el NeedsCompilationindicador en la descripción.
8. El paquete está en github / Bitbucket / Gitorious
Puede tener un repositorio en Github / Bitbucket / Gitorious. Estos paquetes requieren que el remotespaquete se instale.
library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")
(Al igual que installr, es posible que install.packages("remotes")primero deba hacerlo ).
9. No hay una versión fuente del paquete
Aunque la versión binaria de su paquete está disponible, la versión fuente no lo está. Puede desactivar esta verificación configurando
options(install.packages.check.source = "no")
como se describe en esta respuesta SO de imanuelc y la sección Detalles de ?install.packages.
10. El paquete está en un repositorio no estándar
Su paquete está en un repositorio no estándar (por ejemplo Rbbg). Suponiendo que cumple razonablemente con los estándares CRAN, aún puede descargarlo usando install.packages; solo tiene que especificar la URL del repositorio.
install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")
RHIPEpor otro lado no está en un repositorio tipo CRAN y tiene sus propias instrucciones de instalación .