No puede evitar esto a menos que distribuya una aplicación a través de la App Store.
Recibe este mensaje porque la aplicación está firmada a través de un certificado empresarial en el que el usuario aún no confía. Apple obliga a que aparezca este mensaje porque la aplicación que se está instalando no ha pasado por el proceso de revisión de la App Store, por lo que técnicamente no es de confianza.
Una vez que el usuario haya aceptado la solicitud, el certificado se marcará como de confianza y la aplicación se podrá instalar (junto con cualquier otra aplicación futura que desee instalar que haya sido firmada con el mismo certificado)
Nota: Como se señala en los comentarios, a partir de iOS 8, la desinstalación de todas las aplicaciones de un certificado específico hará que el mensaje se muestre nuevamente una vez que se reinstale una aplicación de dicho certificado.
Aquí está el enlace al sitio web de Apple que confirma esta información:
https://support.apple.com/en-us/HT204460