Usé una variante de la solución de Mateo. Estoy usando esto en archivos Rmd escritos en Markdown con sabor a github (gfm) para un sitio web con tecnología Jekyll, pero los mismos archivos Rmd se están utilizando para producir archivos PDF en varios contextos. Los archivos Rmd son matemáticos pesados y la matemática se muestra con MathJax en el sitio web. Así que necesitaba una solución que funcionara con gfm que se procesara a través de Jekyll, que funcionara con pandoc-> pdflatex y que sea compatible con MathJax.
fragmento del archivo Rmd (que es gfm)
Here is a paragraph with an footnote <span id="a1">[[1]](#f1)</span>.
Footnotes
=========
1. <span id="f1"></span> This is a footnote. [$\hookleftarrow$](#a1)
$\hookleftarrow$
es látex, que funciona para mí ya que siempre tengo habilitado MathJax Lo uso para asegurarme de que se muestre correctamente en mis archivos PDF. Pongo mis notas al pie entre corchetes porque el superíndice es confuso si pongo una nota al pie en algunas matemáticas en línea.
Aquí está en acción: https://eeholmes.github.io/posts/2016-5-18-FI-recursion-1/
Estas notas se pueden poner en cualquier lugar del Rmd. Estoy poniendo una lista al final para que sean técnicamente notas finales.