En mi caso, arrastro y suelto varios archivos en la ventana de mi proyecto Xcode para agregarlos. Hizo copias en mi directorio fuente pero no las colocó donde quería que fueran (las colocó en la raíz de mi directorio, las quería en un subdirectorio). Sin pensar, simplemente los agarré en el Finder y los moví al directorio en el que los quería. Después de volver a la ventana del proyecto, por supuesto, no pude encontrarlos, así que los eliminé en la ventana y los volví a agregar. Después de compilar comencé a recibir estos errores.
Pensé, como algunos mencionan anteriormente, que era un problema de git pero cuando ejecuté "git ls-tree --full-tree -r HEAD" ¿No vi los archivos en absoluto?
De todos modos, para solucionarlo, lo único que hice fue usar el comando de menú "Agregar archivo ..." para agregar cada uno de los archivos a la ubicación predeterminada, hacer una compilación limpia y luego eliminarlos de la ventana del proyecto (usando mover a la papelera) y Se deshizo de todos los errores.