Maven Central y JCenter son en su mayoría equivalentes, desde la perspectiva del usuario.
La razón por la que hay 2 grandes repositorios es porque Maven Central está respaldado por Sonatype, la compañía detrás de Maven y especialmente detrás de Nexus, un repositorio Maven que venden a las empresas.
JCenter está respaldado por JFrog, la compañía detrás de Artifactory, un competidor de Nexus. Por lo que recuerdo, JFrog también respaldó a Gradle por un tiempo, como un competidor de Maven.
Entonces, al final, se trata de compañías competidoras que ofrecen servicios gratuitos para tratar de atraer a los clientes a sus ofertas empresariales de nivel superior.
A menos que tenga una razón muy específica para usar uno de ellos, básicamente puede lanzar una moneda para elegir una.