Me he encontrado con un problema similar muchas veces, lo que generalmente me sucede es que un archivo java dirá que no se compilará en el editor de texto, pero en el explorador de paquetes dirá que se está compilando bien.
A veces, hacer una 'reconstrucción' o 'construcción limpia' no funciona, los archivos en realidad no se compilan (uno tiene que suponer que eclipse cree que los archivos que tiene están actualizados) y cuando esto sucede, generalmente abro la ruta de compilación de Java y simplemente mueva una de mis dependencias hacia abajo / hacia arriba en el orden jerárquico. Esto obliga a eclipse a hacer una reconstrucción de todo y siempre parece funcionar.
Si todavía tiene problemas, intente copiar el proyecto y ver si obtiene el mismo comportamiento y, en un último intento, publicar un error para el eclipse, puede que tarden un tiempo en solucionarlo, pero al menos sabe que está siendo Escuchó.