Busque en la parte Preferences > Editor > File Typesinferior Text files, el nombre de su archivo probablemente esté allí, elimínelo.

Si no lo encuentra allí, la siguiente opción es buscar cachés de IntelliJ para el nombre del archivo, por ejemplo, find . -name "*.xml" | xargs grep "Whoopsies". IntelliJ tiene que recordar ese valor de alguna manera ...
Las ubicaciones de la caché dependen de su sistema operativo y de la versión de IntelliJ ( fuente ).
Ventanas
Windows Vista, 7, 8:
\ Users \ [USER ACCOUNT NAME] \. [PRODUCT] [VERSION]
Windows XP:
[UNIDAD DEL SISTEMA] \ Documentos y configuración \ [NOMBRE DE LA CUENTA DEL USUARIO] \. [PRODUCTO] [VERSIÓN]
*nada
~ /. [PRODUCTO] [VERSIÓN]
Mac OS X
Configuración:
~ / Biblioteca / Preferencias / [PRODUCTO] [VERSIÓN]
Cachés:
~ / Biblioteca / Cachés / [PRODUCTO] [VERSIÓN]
Complementos:
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Registros:
~ / Biblioteca / Registros / [PRODUCTO] [VERSIÓN]