Yo tuve el mismo problema.
mi enfoque: almacenar datos del proyecto en un directorio administrado por owncloud
El Proyecto X se crea en la estación de trabajo A, con una ruta personalizada que apunta a un nuevo subdirectorio de mi jerarquía ownCloud. El espacio de trabajo predeterminado aún reside en el sistema de archivos de A.
Cuando estoy sentado en la estación de trabajo BI, abra el espacio de trabajo local predeterminado (local en B) y cree un nuevo proyecto utilizando las fuentes existentes en el directorio ownCloud "sincronizado".
Simplemente haga clic en actualizar cada vez que encienda eclipse y tenga los datos del proyecto actual. La sincronización se ejecuta en segundo plano automáticamente, así que tenga cuidado cuando haya terminado de trabajar para cerrar eclipse y dé a ownCloud la oportunidad de cargar los nuevos archivos en el servidor ownCloud.
Tomcat u otros servidores se ejecutan localmente, la configuración se copia manualmente entre las máquinas a través de scp. Esto sucede solo si hay cambios en la configuración del servidor, lo cual no es muy frecuente.
Todavía no tuve problemas de compatibilidad con NEON 2 (arch linux) y NEON 3 (descargue una ejecución en Debian Stretch) con diferentes JDK.
Saludos cordiales Armin