Difícil, esto, ya que no hay un único estilo consistente seguido por todas las aplicaciones. Como dices, son (en términos generales) sinónimos.
En verdad, en realidad no importa mientras tu audiencia esperada entienda lo que quieres decir.
La mayor diferencia es entre las Propiedades, que generalmente afectan a un componente u objeto, y las otras, que afectan a toda la aplicación.
Siguiendo un ejemplo aproximado de Visual Studio y otros productos de Microsoft:
- Las propiedades representan las características de un único componente u objeto en la aplicación.
- Las opciones alteran las formas globales en que funciona la aplicación. Los productos de Microsoft usan esto para personalizar la barra de herramientas de la interfaz de usuario, por ejemplo. Aquí hay una implicación de que puede deshabilitar los elementos de la IU por completo (por ejemplo, una interfaz de usuario "Simple" o una interfaz de usuario "Avanzada").
- La configuración y las preferencias cambian las cualidades del funcionamiento de la aplicación. La implicación aquí es cambiar, no deshabilitar: por ejemplo, "medidas métricas" o "medidas imperiales británicas".
- La configuración es a menudo donde se personaliza una aplicación para cada usuario o grupo.
Pero no hay una sola regla.
Le sugiero que use Propiedades para las características del objeto y Configuración para todo lo demás que abarca toda la aplicación.