Si es GNU diff, debería poder apuntarlo a los dos directorios y usar la opción -r.
De lo contrario, intente usar
for i in $(\ls -d ./dir1/*); do diff ${i} dir2; done
Nota: como señaló Dennis en la sección de comentarios, en realidad no es necesario hacer la sustitución de comandos en el ls. He estado haciendo esto durante tanto tiempo que estoy haciendo esto prácticamente en piloto automático y sustituyendo el comando que necesito para obtener mi lista de archivos para comparar.
También olvidé agregar que hago '\ ls' para deshabilitar temporalmente mi alias de ls a GNU ls para que pierda la información de formato de color de la lista devuelta por GNU ls.
diff
comando descargando las utilidades GNU para Win32 .