Estaba enfrentando el mismo problema, y me llevó por la pared. El problema terminó siendo que la carpeta .idea YA estaba comprometida previamente en el repositorio, por lo que git los estaba rastreando independientemente de si los ignoraba o no. Recomendaría lo siguiente, después de cerrar RubyMine / IntelliJ o cualquier IDE que esté utilizando:
mv .idea ../.idea_backup
rm .idea # in case you forgot to close your IDE
git rm -r .idea
git commit -m "Remove .idea from repo"
mv ../.idea_backup .idea
Después de eso, asegúrese de ignorar .idea en su .gitignore
Aunque es suficiente ignorarlo en el .gitignore del repositorio, te sugiero que ignores los archivos de puntos de tu IDE a nivel mundial.
De lo contrario, tendrá que agregarlo a cada .gitgnore para cada proyecto en el que trabaje. Además, si colabora con otras personas, entonces es mejor no contaminar el .gitignore del proyecto con una configuración privada que no sea específica del código fuente del proyecto.