Puede ver los archivos eliminados, que todavía están 'rastreados' con:
git ls-files --deleted
Para eliminar archivos de una rama, puede hacer algo como esto:
git ls-files --deleted -z | xargs -0 git rm
De man git-rm
:
Elimine archivos del índice o del árbol de trabajo y el índice. git-rm no eliminará un archivo solo de su directorio de trabajo. (No hay opción para eliminar un archivo 13 solo del árbol de trabajo y, sin embargo, mantenerlo en el índice; use / bin / rm si desea hacer eso).
Finalmente, para realizar la "eliminación", haga algo como:
git commit -m "removed some files"