Reemplazar todos los valores particulares en un marco de datos

Teniendo un marco de datos, ¿cómo hago para reemplazar todos los valores particulares a lo largo de todas las filas y columnas? Digamos, por ejemplo, que quiero reemplazar todos los registros vacíos con NA's (sin escribir las posiciones):

df <- data.frame(list(A=c("", "xyz", "jkl"), B=c(12, "", 100)))

    A   B
1      12
2  xyz    
3  jkl 100

Resultado Esperado:

    A   B
1  NA   12
2  xyz  NA  
3  jkl  100

Me gusta esto:

> df[df==""]<-NA
> df
     A    B
1 <NA>   12
2  xyz <NA>
3  jkl  100

Como PikkuKatja y Glallen pidieron una solución más general y aún no puedo comentar, escribiré una respuesta. Puede combinar declaraciones como en:

> df[df=="" | df==12] <- NA
> df
     A    B
1  <NA> <NA>
2  xyz  <NA>
3  jkl  100

Para los factores, el código de zxzak ya produce factores:

> df <- data.frame(list(A=c("","xyz","jkl"), B=c(12,"",100)))
> str(df)
'data.frame':   3 obs. of  2 variables:
 $ A: Factor w/ 3 levels "","jkl","xyz": 1 3 2
 $ B: Factor w/ 3 levels "","100","12": 3 1 2

Si tiene problemas, sugeriría eliminar temporalmente los factores.

df[] <- lapply(df, as.character)

Aquí hay un par de dplyropciones:

library(dplyr)

# all columns:
df %>% 
  mutate_all(~na_if(., ''))

# specific column types:
df %>% 
  mutate_if(is.factor, ~na_if(., ''))

# specific columns:  
df %>% 
  mutate_at(vars(A, B), ~na_if(., ''))

# or:
df %>% 
  mutate(A = replace(A, A == '', NA))

# replace can be used if you want something other than NA:
df %>% 
  mutate(A = as.character(A)) %>% 
  mutate(A = replace(A, A == '', 'used to be empty'))

Podemos usar data.table para obtenerlo rápidamente. Primero cree df sin factores,

df <- data.frame(list(A=c("","xyz","jkl"), B=c(12,"",100)), stringsAsFactors=F)

Ahora puedes usar

setDT(df)
for (jj in 1:ncol(df)) set(df, i = which(df[[jj]]==""), j = jj, v = NA)

y puede convertirlo de nuevo en un data.frame

setDF(df)

Si solo desea usar data.frame y mantener los factores, es más difícil, debe trabajar con

levels(df$value)[levels(df$value)==""] <- NA

donde valor es el nombre de cada columna. Necesitas insertarlo en un bucle.

Si desea reemplazar varios valores en un marco de datos, recorrer todas las columnas puede ser útil.

Digamos que desea reemplazar ""y 100:

na_codes <- c(100, "")
for (i in seq_along(df)) {
    df[[i]][df[[i]] %in% na_codes] <- NA
}