ASP.NET build manager está construyendo el sitio web revisando las carpetas alfabéticamente, y para cada carpeta calcula sus dependencias y construye las dependencias primero y luego la carpeta seleccionada.
En este caso, la carpeta problemática que es ~ / Controls, se selecciona para crearse al principio, por una razón aún desconocida, construye algunos de los controles allí como un ensamblaje separado en lugar de dentro del mismo ensamblaje que otros controles (parece que estar conectado al hecho de que algunos controles dependen de otros controles en la misma carpeta).
Luego, la siguiente carpeta que se construye (~ / File-Center / Control) depende de la carpeta raíz ~ / que depende de ~ / Controls, por lo que la carpeta ~ / Controls se vuelve a construir solo esta vez los controles que se separaron a su propio ensamblaje ahora se unen al mismo ensamblaje que otros controles con el ensamblado separado que todavía se hace referencia.
Entonces, en este punto, el ensamblaje 2 (al menos) tiene los mismos controles y la compilación falla.
Aunque todavía no sabemos por qué sucedió esto, pudimos solucionarlo cambiando el nombre de la carpeta Controles a ZControls, de esta manera no se compila antes de ~ / File-Center / Control, solo después y de esta manera se construye como debería.