El SDK base es contra lo que compila su aplicación (es decir, incluir y archivos de biblioteca y marcos). Como usted dice, no afecta el objetivo de implementación, excepto que sdk base> = objetivo de implementación.
Usted especifica la configuración de compilación en 2 niveles ya que cada proyecto puede tener múltiples objetivos y es posible que no desee la misma configuración para todos los objetivos. La configuración de nivel de proyecto anula la configuración predeterminada y la configuración de nivel de destino anula la configuración de nivel de proyecto.
Por ejemplo, tengo proyectos con objetivos OSX e iOS y algunos son ARC y otros son MRR. Tendría que tener diferentes proyectos para cada uno si no pudiera especificar la configuración de compilación con el nivel de granularidad que permite Xcode.