Probé varias de las respuestas. Cambiar la configuración en el guión gráfico provocó problemas de ondulación con un menú superpuesto que aparece desde la izquierda.
Solo tengo un UIViewController en blanco en el guión gráfico, de lo contrario, todo se genera mediante programación.
Tengo el mismo problema con un UITableView dentro de un UIView dentro de un UIViewController. Es decir, los encabezados de sección comienzan demasiado abajo cuando el UIViewController está incrustado en un controlador de navegación. Sin el controlador de navegación, todo funciona bien.
Para solucionar el problema, creé un UILabel y con restricciones coloqué la restricción inferior de UILabel = la restricción superior de UIView (por lo que no se muestra en la pantalla. Ahora, con ese control adicional (la nueva etiqueta), TableView se comporta correctamente.
inputsContainerView.addSubview(titleLabel)
inputsContainerView.addSubview(tableView)
// inputsContainerView
///////////////////////////////////////
inputsContainerView.centerXAnchor.constraint(equalTo: view.centerXAnchor).isActive = true
inputsContainerView.centerYAnchor.constraint(equalTo: view.centerYAnchor, constant: 0).isActive = true
inputsContainerView.widthAnchor.constraint(equalTo: view.widthAnchor, constant: -40).isActive = true
inputsContainerView.heightAnchor.constraint(equalTo: view.heightAnchor, multiplier: 0.7).isActive = true
// tableView
///////////////////////////////////////
tableView.centerXAnchor.constraint(equalTo: inputsContainerView.centerXAnchor).isActive = true
tableView.topAnchor.constraint(equalTo: inputsContainerView.topAnchor).isActive = true
tableView.widthAnchor.constraint(equalTo: inputsContainerView.widthAnchor).isActive = true
tableView.heightAnchor.constraint(equalTo: inputsContainerView.heightAnchor).isActive = true
// titleLabel - inserted to stop bad section header behavior
///////////////////////////////////////
titleLabel.centerXAnchor.constraint(equalTo: inputsContainerView.centerXAnchor).isActive = true
titleLabel.bottomAnchor.constraint(equalTo: inputsContainerView.topAnchor).isActive = true
titleLabel.widthAnchor.constraint(equalTo: inputsContainerView.widthAnchor).isActive = true
titleLabel.heightAnchor.constraint(equalToConstant: 20).isActive = true