Respuestas:
Su Android Studio se configuró para abrir el proyecto en la misma ventana. Puede cambiar eso, por lo que le pregunta si abre una nueva ventana mientras abre otro proyecto.
Hacer esto:
Capturas de pantalla

Versiones mas antiguas:

Hubo una actualización en el estudio de Android, por lo que la nueva solución sería:
En Mac es:
Cuando abra otro proyecto, se le preguntará si desea abrir una nueva ventana o reemplazar lo que ya tiene.
⌘+,