Por trivial que sea, verifique su instalación de Java. Para mí, faltaba rt.jar .
Encontré esto después de jugar durante medio día con la configuración de Eclipse y no llegar a ninguna parte. Desesperado, finalmente decidí intentar compilar el proyecto desde la línea de comandos. No esperaba ver nada malo ya que pensé que era un problema de Eclipse, pero para mi sorpresa, vi esto:
Error occurred during initialization of VM
java/lang/NoClassDefFoundError: java/lang/Object
No sé qué pasó con mi instalación de Java y adónde fue rt.jar. De todos modos, esto es un recordatorio para revisar la lista de verificación de fallas y marcar todas las casillas sin importar cuán increíbles sean. Me hubiera ahorrado mucho tiempo.