Busqué mucho, pero todas son respuestas adivinadas. Ayúdame a encontrar la respuesta exacta.
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Respuestas:
Un MSI es una base de datos de Windows Installer. Windows Installer (un servicio instalado con Windows) lo utiliza para instalar software en su sistema (es decir, copiar archivos, establecer valores de registro, etc.).
Un setup.exe puede ser un programa de arranque o un instalador que no sea msi. Un instalador que no sea msi extraerá los recursos de instalación de sí mismo y gestionará su instalación directamente. Un programa de arranque contendrá un MSI en lugar de archivos individuales. En este caso, el setup.exe llamará a Windows Installer para instalar el MSI.
Algunas razones por las que puede querer usar un setup.exe :
MSI es un archivo instalador que instala su programa en el sistema en ejecución.
Setup.exe es una aplicación (archivo ejecutable) que tiene uno o más archivos msi como uno de sus recursos. La ejecución de Setup.exe ejecutará a su vez msi (el instalador) que escribe su aplicación en el sistema.
Editar (como se sugiere en el comentario): los archivos ejecutables de instalación no necesariamente tienen un recurso MSI internamente
MSI es básicamente un instalador de Microsoft que está integrado en Windows. Asocia componentes con características y contiene información de control de instalación. No es necesario que este archivo contenga archivos reales requeridos por el usuario, es decir, los programas de aplicación que el usuario espera. MSI puede contener otro setup.exe dentro del cual MSI envuelve, que en realidad contiene los archivos requeridos por el usuario.
Espero que esto te aclare la duda.
MSI
archivos generalmente NO envuelven setup.exe
archivos, sino viceversa.