En Bootstrap 2.xx, los Glyphyicons eran en formato de imagen, por lo que no puede aumentar el tamaño, cambiar el color, el color de fondo, etc. fácilmente. Sin embargo, font-awesome te brinda íconos vectoriales escalables que se pueden personalizar instantáneamente: tamaño, color, sombra y cualquier cosa que se pueda hacer con el poder de CSS.
Font-awesome es realmente una alternativa para Glyphyicons que se actualiza de vez en cuando con nuevos íconos. Fat y Mdo planean integrar Font-awesome en la versión 3 de bootstrap como reemplazo de Glyphyicons.
Mi sugerencia es que uses bootstrap con font-awesome. Primero incluya bootstrap css y luego Font-awesome css, para que los Glyphyicons sean reemplazados por font-awesome.
ACTUALIZAR
En la versión de bootstrap 3.xx, los glifos se convierten en formato de fuente, que se representará bien incluso con un tamaño de fuente de 12px. Si está utilizando la última versión de fontawesome, es decir, 4.01, puede utilizar ambos glifos con fontawesome.