Algo más que puedes probar si tienes problemas para codificar 'utf-8' y quieres ir celda por celda, puedes intentar lo siguiente.
Python 2
(Donde "df" es su objeto DataFrame).
for column in df.columns:
for idx in df[column].index:
x = df.get_value(idx,column)
try:
x = unicode(x.encode('utf-8','ignore'),errors ='ignore') if type(x) == unicode else unicode(str(x),errors='ignore')
df.set_value(idx,column,x)
except Exception:
print 'encoding error: {0} {1}'.format(idx,column)
df.set_value(idx,column,'')
continue
Entonces intenta:
df.to_csv(file_name)
Puede verificar la codificación de las columnas de la siguiente manera:
for column in df.columns:
print '{0} {1}'.format(str(type(df[column][0])),str(column))
Advertencia: errors = 'ignore' simplemente omitirá el carácter, por ejemplo
IN: unicode('Regenexx\xae',errors='ignore')
OUT: u'Regenexx'
Python 3
for column in df.columns:
for idx in df[column].index:
x = df.get_value(idx,column)
try:
x = x if type(x) == str else str(x).encode('utf-8','ignore').decode('utf-8','ignore')
df.set_value(idx,column,x)
except Exception:
print('encoding error: {0} {1}'.format(idx,column))
df.set_value(idx,column,'')
continue
index=False
para soltar el índice.