Después de trabajar con dificultad en Visual Studio, finalmente descubrí la respuesta que tomó mucho más tiempo de lo que debería.
Para tomar un proyecto existente sin control de código fuente y colocarlo en un repositorio VACÍO existente (esto es importante) de GitHub, el proceso es simple, pero complicado, porque su primera inclinación es usar Team Explorer, lo cual está mal y es por eso estás teniendo problemas.
Primero, agréguelo al control de fuente. Hay algunas explicaciones de eso arriba, y todo el mundo llega hasta aquí.
Ahora, esto abre un repositorio LOCAL vacío y el truco del que nadie te habla es ignorar el Team Explorer por completo e ir al Explorador de soluciones, hacer clic derecho en la solución y hacer clic en Confirmar.
Esto luego confirma todas las diferencias entre su solución existente y el repositorio local, esencialmente actualizándolo con todos estos archivos nuevos. Déle un nombre de confirmación predeterminado 'archivos iniciales' o lo que sea que flote en su barco y confirme.
Luego, simplemente haga clic en Sincronizar en la siguiente pantalla y suelte la URL del repositorio de GitHub VACÍA. Asegúrese de que esté vacío o tendrá conflictos de rama maestra y no se lo permitirá. Entonces, use un nuevo repositorio o elimine el anterior que había estropeado anteriormente. Tenga en cuenta que este es Visual Studio 2013, por lo que su kilometraje puede variar.