Tener efectos en append no funcionará porque el contenido que muestra el navegador se actualiza tan pronto como se agrega el div. Entonces, para combinar las respuestas de Mark B y Steerpike:
Dale estilo al div que estás agregando como oculto antes de agregarlo. Puede hacerlo con un script CSS en línea o externo, o simplemente crear el div como
<div id="new_div" style="display: none;"> ... </div>
Luego , puede encadenar los efectos a su anexo ( demostración ):
$('#new_div').appendTo('#original_div').show('slow');
O ( demo ):
var $new = $('#new_div');
$('#original_div').append($new);
$new.show('slow');