Estoy ejecutando kepler en ubuntu y tuve el mismo problema al obtener eclipse para reconocer el servidor tomcat7. Mi ruta para instalar el directorio estaba bien y eliminar / renombrar los archivos solo tampoco lo solucionó.
Esto es lo que funcionó para mí:
ejecuta lo siguiente en la terminal:
cd ~/workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/
rm org.eclipse.jst.server.tomcat.core.prefs
rm org.eclipse.wst.server.core.prefs
cd /usr/share/tomcat7
sudo service tomcat7 stop
sudo update-rc.d tomcat7 disable
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/conf conf
sudo ln -s /etc/tomcat7/policy.d/03catalina.policy conf/catalina.policy
sudo ln -s /var/log/tomcat7 log
sudo chmod -R 777 /usr/share/tomcat7/conf
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/common common
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/server server
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/shared shared
reinicie eclipse, elimine el servidor tomcat7. Vuelva a agregar el servidor y todo funcionó.
Aquí está el enlace que usé.
http://linux.mjnet.eu/post/1319/tomcat-7-ubuntu-13-04-and-eclipse-kepler-problem-to-run/