Desde vim puedes ejecutar comandos de shell. Entonces en este caso uso:
:!touch somefile.txt
y luego presiona rpara volver a cargar la ventana nerdtree.
La otra cosa que debe hacer es iniciar el nuevo archivo desde vim.
:e somefile.txt
Una cosa útil para esto es que en mi .vimrc auto cambio el cwd al directorio en el que está mi archivo actual:
" Auto change the directory to the current file I'm working on
autocmd BufEnter * lcd %:p:h
De esta manera, si estoy editando un archivo y quiero otro en el mismo lugar, la ruta se cambia allí mismo. Abrir cualquier archivo de NERDTree establece el directorio en el que está ese archivo.