Aunque es posible que algo se haya eliminado, según mi experiencia, algo se estropea en el archivo del proyecto. Todavía tengo que precisar qué es ese "algo". He tenido problemas similares cuando la instalación del SDK está bien. Hay un par de opciones.
Primero, agregue todos sus archivos a un nuevo proyecto. Esto parece funcionar normalmente. Sin embargo, es una especie de dolor.
En segundo lugar, puede hacer clic con el botón derecho en el proyecto en XCode / Get Info / Build / Library Search Paths. Agregue nuevas rutas similares a /Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator3.1.sdk/usr/lib. Agregue versiones apropiadas de esa cadena para cada versión (2.2.1, etc.) y plataforma (simulador o iPhoneOS). Realice una acción similar para las rutas de búsqueda de marcos si los marcos son su problema.
En tercer lugar, que es más trabajo pero más confiable, es abrir project.pbxproj desde MyProject.xcodeproj (Textmate es bueno para esto). Busque "/ * Begin XCBuildConfiguration section * /", luego "LIBRARY_SEARCH_PATHS" y "FRAMEWORK_SEARCH_PATHS". Agregue o modifique las rutas según corresponda y guarde el archivo.
En cualquier caso, un dolor en el trasero, y me gustaría señalar la causa porque me ha pasado esto un par de veces. El proyecto se construye bien, luego acaba y se niega a hacerlo con lo que parece ser una pequeña razón.