Abrí la consola (chrome \ firefox) y ejecuté las siguientes líneas:
$("body").append("<div id=\"popupFrame\" style=\"width:100%;height:100%;background-color:black;opacity:0.5;position:absolute;top:0;left:0;z-index:1;\" />");
$("body").append("<div id=\"popupContent\" style=\"width:200px;height:200px;z-index:1000;background-color:white;\" >dasdasdsadasdasdasdasdasd</div>");
El #popupContent debería estar por encima de todo, pero se ve afectado por la opacidad de #popupFrame.
El contenido no está incluido en #popupFrame, lo que lo hace muy extraño.
El objetivo es crear un cuadro de alerta similar a Firefox