Finalmente terminé usando lo siguiente:
bower install --save http://twitter.github.com/bootstrap/assets/bootstrap.zip
Me parece más limpio ya que no clona todo el repositorio, solo descomprime los evaluaciones requeridas.
La desventaja de eso es que rompe la filosofía de Bower ya bower update
que a no actualizará bootstrap.
Pero creo que aún es más limpio que usar bower install bootstrap
y luego crear bootstrap en su flujo de trabajo.
Es una cuestión de elección, supongo.
Actualización: parece que ahora versionan una carpeta dist (ver: https://github.com/twbs/bootstrap/pull/6342 ), así que solo use bower install bootstrap
y señale los activos en la dist
carpeta