Como muchos han dicho, no se puede cambiar un archivo en un JAR sin volver a escanear el JAR. Es aún peor con Launch4J, tienes que reconstruir el EXE una vez que cambias el JAR. Así que no sigas esta ruta.
Por lo general, es una mala idea poner archivos de configuración en el JAR. Aquí está mi sugerencia. Busque su archivo de configuración en algunas ubicaciones predeterminadas (como el directorio de inicio, \ Archivos de programa \, etc.). Si encuentra un archivo de configuración, utilícelo. De lo contrario, use el que está en el JAR como respaldo. Si hace esto, solo necesita escribir el archivo de configuración en la ubicación predeterminada y el programa lo recogerá.
Otro beneficio de este enfoque es que el archivo de configuración modificado no se sobrescribe si actualiza su software.