Encontré un hilo muy agradable en la red que explica la diferencia de una manera muy directa: http://www.thestudentroom.co.uk/showthread.php?t=232168 .
El algoritmo de Kruskal desarrollará una solución desde el borde más barato al agregar el siguiente borde más barato, siempre que no cree un ciclo.
El algoritmo de Prim desarrollará una solución a partir de un vértice aleatorio agregando el siguiente vértice más barato, el vértice que actualmente no está en la solución pero que está conectado a él por el borde más barato.
Aquí se adjunta una hoja interesante sobre ese tema.
Si implementa Kruskal y Prim, en su forma óptima: con un hallazgo de unión y un montón de finbonacci respectivamente, notará cómo Kruskal es fácil de implementar en comparación con Prim.
Prim es más difícil con un montón de Fibonacci principalmente porque debe mantener una tabla de contabilidad para registrar el enlace bidireccional entre los nodos del gráfico y los nodos del montón. Con Union Find, es todo lo contrario, la estructura es simple e incluso puede producir directamente el material sin casi ningún costo adicional.