Aquí hay un CSS en funcionamiento, probado en Firefox / IE7 / Safari / Chrome / Opera.
* {margin:0px;padding:0px;overflow:hidden}
div {position:absolute}
div#header {top:0px;left:0px;right:0px;height:60px}
div#wrapper {top:60px;left:0px;right:0px;bottom:0px;}
div#left {top:0px;bottom:0px;left:0px;width:50%;overflow-y:auto}
div#right {top:0px;bottom:0px;right:0px;width:50%;overflow-y:auto}
"overflow-y" no está aprobado por w3c, pero todos los principales navegadores lo admiten. Sus dos divs #left y #right mostrarán una barra de desplazamiento vertical si su contenido es demasiado alto.
Para que esto funcione bajo IE7, debe activar el modo compatible con los estándares agregando un DOCTYPE:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN"
"http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
<html>
<head>
<title></title>
<style type="text/css">
*{margin:0px;padding:0px;overflow:hidden}
div{position:absolute}
div#header{top:0px;left:0px;right:0px;height:60px}
div#wrapper{top:60px;left:0px;right:0px;bottom:0px;}
div#left{top:0px;bottom:0px;left:0px;width:50%;overflow-y:auto}
div#right{top:0px;bottom:0px;right:0px;width:50%;overflow-y:auto}
</style>
</head>
<body>
<div id="header"></div>
<div id="wrapper">
<div id="left"><div style="height:1000px">high content</div></div>
<div id="right"></div>
</div>
</body>