Cómo seleccionar un espejo CRAN en R

Estoy tratando de instalar un paquete a través del indicador R haciendo lo siguiente:

install.packages('RMySQL')

Pero el resultado es el siguiente:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

¡Y nada más! No puedo encontrar una solución a este problema muy básico. ¿Qué se supone que debo escribir para seleccionar un espejo CRAN?

EDITAR:

SO: Mac-OS X 10.6.8 R Versión: 2.15.0

Debería obtener una ventana con una lista de repositorios o un menú de texto con algunas opciones. Pero si eso no aparece, siempre puede especificar el espejo desde donde descargar los paquetes usted mismo usando el reposparámetro. Al hacer eso, R no le preguntará más sobre el repositorio. Ejemplo:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Aquí tienes una lista de espejos para R.

Esto es lo que hago, que es básicamente directo de la example(Startup)página:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

que está en ~/.Rprofile.

Editar: como ahora es 2018, podemos agregar que durante los últimos años la URL "https://cloud.r-project.org"ha sido preferible ya que refleja a) acceso https yb) un CDN "siempre cerca de usted".

Soy un fan de:

chooseCRANmirror()

Lo cual imprimirá la lista de espejos en la salida (no se preocupe una ventana emergente ya que lo está ejecutando desde el terminal) y luego ingrese el número que desea.

Utilizo la solución ~ / .Rprofile sugerida por Dirk, pero solo quería señalar que

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

parece ser lo más sensato que hacer en lugar de

chooseCRANmirror(81)

, que puede funcionar, pero que implica el número mágico 81 (o tal vez esta es una forma sutil de promover el turismo a 81 = Reino Unido (Bristol) :-))

La pantalla de selección de repositorio no se puede mostrar en su sistema (OS X), ya que OS X ya no incluye X11. R intenta mostrarle el mensaje a través de X11. Instale X11 desde http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Luego ejecute el comando de instalación. Se mostrará el mensaje de selección de repositorio.

Si necesita configurar el espejo de una manera no interactiva (por ejemplo, haciendo una instalación de rbundler en un script de implementación), puede hacerlo de esta manera:

Primero ejecutado manualmente:

chooseCRANmirror()

Elija el número de espejo que sea mejor para usted y recuérdelo. Luego, para automatizar la selección:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Donde 87 es el número del espejo que le gustaría usar. Este fragmento también instala el paquete por ti. Puede omitir eso si lo desea.

solía

chooseCRANmirror(81)

le da un aviso para seleccionar el país. Luego puede hacer una selección escribiendo el código espejo del país especificado allí.

Debería aparecer un menú desplegable para que seleccione (o obtendrá un montón de números para elegir), ya sea que esté utilizando R en el terminal o un IDE como RStudio. Esto es compatible con Windows, Mac OS y la mayoría de los sistemas Linux. Sin embargo, puede requerir configuración adicional o dependencias como X-windows.

Para habilitar X-windows cuando se usa acceso remoto, use los siguientes -XYindicadores:

ssh -XY username@server.domain

A menudo hay un repositorio predeterminado, pero se puede especificar si tiene algún problema, como ejecutar scripts o Rmarkdown / knitr. Puede usar el repoopset, el espejo o el repositorio para CRAN cada vez que instale con:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Es recomendable utilizar el espejo más cercano a su ubicación para descargas más rápidas. Por ejemplo:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

También puede configurar la reposopción en su sesión para que solo la necesite una vez por sesión interactiva (o secuencia de comandos). Puede verificar si reposestá configurado con:

options(repos)

Si obtiene "Error in options(repos) : object 'repos' not found", puede configurar la opción de repositorio. Por ejemplo:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Entonces debería funcionar instalar paquetes como de costumbre. Por ejemplo:

install.packages("RMySQL")

Como lo mencionaron otros, puede configurar el repositorio en su .Rprofilearchivo y hacer que funcione en todos sus scripts. Depende de usted si prefiere estas opciones "globales" en su sistema u opciones "locales" en su sesión o script. Estas opciones "locales" requieren más tiempo para usar cada sesión, pero tienen el beneficio de hacer que otros puedan usar sus secuencias de comandos si no tienen la suya .Rprofile.

Tenía, en macOS, exactamente lo que dices: un mensaje 'selecciona' y nada más.

Después de que abrí (y actualicé; no sé si eso era relevante) X-Quartz, y luego reinicié R e intenté nuevamente, obtuve una lista de espejos de la ventana X para elegir después de unos segundos. Fue más rápido la tercera vez en adelante.

También puede deshabilitar todos los menús gráficos ejecutándolo o colocándolo en su perfil R

options(menu.graphics = FALSE)

Agregar a ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})