¿Hay alguna forma de garantizar la salida jerárquica de NetworkX?

Estoy intentando producir un diagrama de flujo de una estructura de árbol . He podido crear gráficos representativos con networkx, pero necesito una forma de mostrar la estructura del árbol cuando genero un gráfico. Estoy usando matplotlib.pylab para trazar el gráfico.

Necesito mostrar los datos en una estructura similar a la que se muestra aquí . Aunque no tengo subgráficos.

¿Cómo puedo garantizar una estructura así?

Ejemplos para los incrédulos:

He podido mostrar los gráficos con pylab y graphviz, pero ninguno ofrece la estructura de árbol que estoy buscando. He probado todos los diseños que ofrece networkx, pero ninguno muestra una jerarquía . No estoy seguro de qué opciones / modo darle O si necesito usar pesas. Cualquier sugerencia ayudaría mucho.

@jterrace:

Aquí hay un esquema general de lo que usé para producir los gráficos anteriores. Agregué algunas etiquetas, pero aparte de eso, es lo mismo.

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.Graph()

G.add_node("ROOT")

for i in xrange(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

plt.title("draw_networkx")
nx.draw_networkx(G)

plt.show()

Si usa un gráfico dirigido, el diseño de puntos de Graphviz hará algo como usted quiera con el árbol. Aquí hay un código similar a las soluciones anteriores que muestra cómo hacer eso

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
nx.nx_agraph.write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos=graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=False)
plt.savefig('nx_test.png')

ACTUALIZADO

Aquí hay una versión actualizada para networkx-2.0 (y con el próximo networkx-2.1 también dibuja flechas).

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot, graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos =graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=True)
plt.savefig('nx_test.png')

Puedes usar pygraphviz para acercarte:

>>> import pygraphviz
>>> import networkx
>>> import networkx as nx
>>> G = nx.Graph()
>>> G.add_node("ROOT")
>>> for i in xrange(5):
...     G.add_node("Child_%i" % i)
...     G.add_node("Grandchild_%i" % i)
...     G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
...     G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

>>> A = nx.to_agraph(G)
>>> A.layout('dot', args='-Nfontsize=10 -Nwidth=".2" -Nheight=".2" -Nmargin=0 -Gfontsize=8')
>>> A.draw('test.png')

Resultado:

Tenga en cuenta que copié las opciones de graphviz del enlace que publicó arriba. No estoy seguro de por qué el cuarto niño se dibuja en la parte superior en lugar de en formato estrictamente vertical. Quizás alguien que sepa más sobre las opciones de Graphviz pueda ayudar con eso.

Puede usar grandalf para una solución solo de Python, si no desea instalar graphviz.

Además, este tipo de visualización se denomina dibujo de gráfico en capas o dibujo de gráfico de estilo Sugiyama. , que puede mostrar muchos tipos de gráficos, incluidos los que no son árboles.

Consulte mi respuesta a una pregunta diferente para obtener detalles e implementación.