Si solo tiene código php en un archivo html, pero tiene varios archivos que solo contienen código html, puede agregar lo siguiente a su archivo .htaccess para que solo sirva ese archivo en particular como php.
<Files yourpage.html>
AddType application/x-httpd-php .html
//you may need to use x-httpd-php5 if you are using php 5 or higher
</Files>
Esto hará que PHP sea ejecutable ÚNICAMENTE en el archivo "yourpage.html" y no en todas sus páginas html, lo que evitará la ralentización de todo su servidor.
En cuanto a por qué alguien podría querer servir php a través de un archivo html, utilizo la función IMPORTHTML en las hojas de cálculo de Google para importar datos JSON desde una URL externa que debe analizarse con php para limpiarlo y construir una tabla html. Hasta ahora no he encontrado ninguna forma de importar un archivo .php en hojas de cálculo de Google, por lo que debe guardarse como un archivo .html para que la función funcione. Ser capaz de servir php a través de un archivo .html es necesario para ese uso en particular.