Eclipse apenas puede actualizarse de 3.7.1 a 3.7.2, no importa de 3.7 a 4.2.
Usted está tomando la vida de su entorno de desarrollo en sus manos si intenta hacer una actualización tan grande a un entorno de desarrollo Eclipse existente. No sé ustedes, pero mi entorno de desarrollo es demasiado importante para arriesgarse a actualizar.
Cree siempre un nuevo directorio de Eclipse y nuevos espacios de trabajo de Eclipse cuando desee cambiar su entorno de desarrollo.
Descomprima Eclipse 4.2 en un nuevo directorio y agregue sus complementos uno a la vez. Puede usar el método de Bananeweizen para copiar los complementos de Eclipse 3.7, o puede agregarlos manualmente. Probablemente sea una buena idea ver si los complementos que usa se han actualizado para Eclipse 4.2.
Cree un nuevo espacio de trabajo de Eclipse 4.2 y copie el código de su proyecto desde su espacio de trabajo de Eclipse 3.7. Si descubre un problema más adelante, puede recurrir a Eclipse 3.7 y sus espacios de trabajo de Eclipse 3.7.
Cuando tenga un entorno Eclipse 4.2 que funcione, vuelva a comprimirlo y conserve el archivo zip para que pueda restaurar su entorno Eclipse 4.2 en caso de que su Eclipse se corrompa.
Nunca pienses en cambiar tu entorno de trabajo.