Para usar el porcentaje en la propiedad de traducción, debe usar Javascript: http://jsfiddle.net/4wqEm/27/
Código HTML :
<div id="parent">
<div id="children"></div>
</div>
Código CSS:
#parent {
width: 200px;
height: 200px;
background: #ff0;
}
#children {
width: 10%;
height: 10%;
background: #f00;
}
Código Javascript:
parent = document.getElementById('parent');
children = document.getElementById('children');
parent_height = parent.clientHeight;
children_translate = parent_height * 50/100;
children.style.webkitTransform = "translateY("+children_translate+"px)";
Espero poder ayudarte y decirme si tienes algún otro problema.