Supongo que GitHub recomienda HTTPS por varias razones
1) Es más fácil de usar desde cualquier lugar ya que solo necesita los detalles de su cuenta (no se requieren claves SSH)
2) HTTPS es un puerto que está abierto en todos los firewalls. SSH no siempre está abierto como puerto para la comunicación a redes externas
Por lo tanto, un repositorio de GitHub es más universalmente accesible usando HTTPS que SSH.
En mi opinión, las claves SSH valen el poco trabajo extra para crearlas.
1) Las claves SSH no proporcionan acceso a su cuenta de GitHub, por lo que su cuenta no puede ser secuestrada si le roban su clave,
2) El uso de una frase clave fuerte con su clave SSH limita el uso indebido, incluso si su clave es robada
Si le roban las credenciales de su cuenta de GitHub (nombre de usuario / contraseña), su contraseña de GitHub se puede cambiar para bloquear el acceso y todos sus repositorios compartidos se pueden eliminar rápidamente.
Si se roba una clave privada, alguien puede presionar forzosamente un repositorio vacío y borrar todo el historial de cambios para cada repositorio que posea, pero no puede cambiar nada en su cuenta de GitHub. Será mucho más fácil intentar la recuperación de esta infracción en la que tiene acceso a su cuenta de GitHub.
Mi preferencia es usar SSH con una clave protegida con frase de contraseña. Tengo una clave SSH diferente para cada computadora, así que si esa máquina es robada o la clave se ve comprometida, puedo iniciar sesión rápidamente en GitHub y eliminar esa clave para evitar el acceso no deseado.
SSH se puede tunelizar a través de HTTPS si la red en la que se encuentra bloquea el puerto SSH.
https://help.github.com/articles/using-ssh-over-the-https-port/
Si usa HTTPS, recomendaría agregar autenticación de dos factores para proteger su cuenta y sus repositorios.
Si usa HTTPS con una herramienta (por ejemplo, un editor), debe usar un token de desarrollador de su cuenta de GitHub en lugar del nombre de usuario y contraseña de la memoria caché en esa configuración de herramientas.