Para crear el script de "configuración" estándar, necesita GNU autoconf. Es posible que también necesite GNU automake y libtool.
Hay toneladas de documentación y howtos. Google para algo como "autoconf automake howto". La buena documentación está en las páginas oficiales del manual:
Autoconf creará su script de configuración a partir del archivo "configure.ac". El archivo "Makefile.am" le indicará a automake cómo crear su archivo Make mediante la cadena de configuración. Se necesita Libtool para simplificar el manejo de bibliotecas alrededor de su código.
Puede comenzar a crear un archivo configure.ac a mano o puede usar el ayudante "autoscan" que puede ayudarlo a crear algo semiautomático para usted.
Luego, cuando estés listo, este hará la magia:
autoreconf -i