Factoriza el código común en un archivo R separado y luego genera ese archivo R en cada archivo Rmd en el que quieras.
así que, por ejemplo, digamos que tengo dos informes que necesito hacer, Brotes de gripe y Análisis de armas contra mantequilla. Naturalmente, crearía dos documentos Rmd y terminaría.
Ahora suponga que llega el jefe y quiere ver las variaciones de los brotes de gripe frente a los precios de la mantequilla (controlando la munición de 9 mm).
- Copiar y pegar el código para analizar los informes en el nuevo informe es una mala idea para la reutilización del código, etc.
- Quiero que se vea bien.
Mi solución fue factorizar el proyecto en estos archivos:
- Flu.Rmd
- Guns_N_Butter.Rmd
- guns_data_import.R
- butter_data_import.R
dentro de cada archivo Rmd tendría algo como:
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
El problema aquí es que perdemos reproducibilidad. Mi solución a eso es crear un documento secundario común para incluirlo en cada archivo Rmd. Entonces, al final de cada archivo Rmd que creo, agrego esto:
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
Y, por supuesto, autodoc.Rmd:
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
//need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
NB, esto está diseñado para el flujo de trabajo Rmd -> html. Esto será un desastre feo si eliges látex o cualquier otra cosa. Este documento Rmd busca en el entorno global todos los archivos fuente () 'ed e incluye su fuente al final de su documento. Incluye jquery ui, tablesorter y configura el documento para usar un estilo de acordeón para mostrar / ocultar archivos de origen. Es un trabajo en progreso, pero no dude en adaptarlo a sus propios usos.
No es de una sola línea, lo sé. Espero que te dé algunas ideas al menos :)
Rmdarchivo. ¿Pero también desea obtener otrosmarkdownarchivos en un archivo que se está tejiendo?